Nhận được quyết định thanh tra thuế doanh nghiệp có thể gây lo lắng, nhưng đây là một hoạt động định kỳ của cơ quan thuế. Với sự chuẩn bị kỹ lưỡng, doanh nghiệp hoàn toàn có thể vượt qua kỳ thanh tra một cách suôn sẻ, tự tin và tránh được các khoản truy thu hay phạt không đáng có. Bài viết này sẽ cung cấp một lộ trình chi tiết qua 3 giai đoạn VÀNG giúp bạn chuẩn bị toàn diện, từ hồ sơ, sổ sách đến kỹ năng giải trình hiệu quả.
Phân biệt Thanh tra thuế và Kiểm tra thuế: Doanh nghiệp nằm trong trường hợp nào?
Trước khi đi vào chi tiết, việc hiểu rõ sự khác biệt giữa hai hình thức này giúp doanh nghiệp xác định đúng phạm vi và tâm thế làm việc. Về cơ bản, kiểm tra thuế có phạm vi hẹp hơn và thường xuyên hơn, trong khi thanh tra thuế có tính chất phức tạp và sâu rộng hơn.
Về căn cứ tiến hành
- Kiểm tra thuế: Được thực hiện định kỳ dựa trên kế hoạch của cơ quan thuế hoặc khi hồ sơ thuế của doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro, sai sót.
- Thanh tra thuế: Chỉ được tiến hành khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế, giải quyết khiếu nại, tố cáo, hoặc theo yêu cầu của công tác phòng, chống tham nhũng và các kế hoạch thanh tra chuyên ngành.
Về phạm vi và thời gian
- Kiểm tra thuế: Thường diễn ra tại trụ sở cơ quan thuế (kiểm tra hồ sơ) hoặc tại trụ sở doanh nghiệp. Thời gian kiểm tra không quá 10 ngày làm việc. Phạm vi thường giới hạn trong một hoặc vài kỳ tính thuế có rủi ro.
- Thanh tra thuế: Luôn diễn ra tại trụ sở doanh nghiệp. Thời gian có thể kéo dài đến 45 ngày làm việc (và có thể gia hạn). Phạm vi thanh tra rộng, có thể bao quát nhiều năm tài chính và nhiều loại thuế khác nhau.
Về thời hạn công bố quyết định
- Quyết định kiểm tra thuế: Phải được gửi cho doanh nghiệp trong vòng 03 ngày làm việc và thực hiện kiểm tra trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành quyết định.
- Quyết định thanh tra thuế: Phải được công bố chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày ra quyết định.
Lộ trình 3 giai đoạn chuẩn bị toàn diện khi doanh nghiệp bị thanh tra thuế
Để quá trình thanh tra thuế doanh nghiệp diễn ra thuận lợi, sự chuẩn bị không chỉ là tập hợp giấy tờ mà là một quy trình rà soát và hệ thống hóa toàn diện. Tại Kỷ Nguyên Mới, chúng tôi đúc kết quy trình này thành 3 giai đoạn cốt lõi.
Giai đoạn 1: Trước khi đoàn thanh tra đến – Bước chuẩn bị hồ sơ quyết định 80% thành công
Đây là giai đoạn quan trọng nhất, quyết định phần lớn kết quả của cuộc thanh tra. Sự chuẩn bị kỹ lưỡng sẽ giúp bạn tự tin, chủ động và thể hiện sự chuyên nghiệp trước cơ quan thuế.
Rà soát tổng thể hồ sơ pháp lý doanh nghiệp
Đảm bảo tất cả các giấy tờ pháp lý cơ bản đều đầy đủ và còn hiệu lực. Đoàn thanh tra thường sẽ yêu cầu kiểm tra những hồ sơ này đầu tiên.
- Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
- Giấy phép kinh doanh có điều kiện (nếu có).
- Điều lệ công ty cập nhật nhất.
- Sổ đăng ký cổ đông/thành viên (đối với công ty cổ phần/TNHH).
Kiểm tra chi tiết sổ sách kế toán và chứng từ gốc (Hóa đơn, Sổ phụ ngân hàng)
Đây là “trái tim” của cuộc thanh tra. Sự nhất quán và hợp lệ của các loại giấy tờ này là yếu tố then chốt.
- Hóa đơn, chứng từ gốc: Rà soát tính hợp lệ, hợp pháp của hóa đơn đầu vào, đầu ra. Kiểm tra kỹ các thông tin trên hóa đơn điện tử. Đảm bảo mọi khoản chi đều có chứng từ hợp lệ đi kèm.
- Sổ sách kế toán: Đối chiếu số liệu giữa sổ cái, sổ chi tiết với tờ khai thuế và báo cáo tài chính đã nộp. Đảm bảo không có sự chênh lệch vô lý.
- Sổ phụ ngân hàng: Đối chiếu tất cả giao dịch ngân hàng với sổ sách kế toán. Đặc biệt lưu ý các giao dịch thanh toán cho hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên phải được chuyển khoản.
Rà soát báo cáo và đối chiếu nghĩa vụ các loại thuế trọng yếu (GTGT, TNDN, TNCN)
- Thuế GTGT: Kiểm tra lại các tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý, đối chiếu với sổ sách kế toán và hóa đơn đầu ra, đầu vào. Chú ý các trường hợp khấu trừ sai quy định.
- Thuế TNDN: Đây là loại thuế thường bị tập trung nhất. Cần rà soát kỹ lưỡng các khoản chi phí được trừ và không được trừ, các khoản doanh thu đã kê khai đủ chưa, các khoản ưu đãi thuế (nếu có) đã áp dụng đúng chưa.
- Thuế TNCN: Đối chiếu bảng lương, hợp đồng lao động với các tờ khai thuế TNCN. Đảm bảo đã khấu trừ, kê khai và nộp đủ thuế cho người lao động, đặc biệt là các khoản giảm trừ gia cảnh.
Lập danh mục hồ sơ cần chuẩn bị khi thanh tra thuế và sắp xếp khoa học
Sau khi rà soát, hãy hệ thống hóa toàn bộ hồ sơ. Việc chuẩn bị sẵn một bộ hồ sơ cần chuẩn bị khi thanh tra thuế được sắp xếp ngăn nắp theo từng năm, từng loại thuế sẽ tạo ấn tượng tốt và giúp quá trình làm việc diễn ra nhanh chóng.
Giai đoạn 2: Trong quá trình làm việc với cơ quan thuế – Chuyên nghiệp và bình tĩnh
Thái độ hợp tác, chuyên nghiệp và sự bình tĩnh trong giai đoạn này sẽ giúp bạn giải quyết các vấn đề phát sinh một cách hiệu quả.
Bố trí nhân sự chủ chốt (Kế toán trưởng, Giám đốc tài chính) và không gian làm việc
- Cử người có chuyên môn cao và am hiểu sâu sắc về tình hình tài chính của công ty (thường là Kế toán trưởng hoặc Giám đốc tài chính) làm đầu mối làm việc chính.
- Chuẩn bị một phòng làm việc riêng, yên tĩnh, có đủ trang thiết bị (máy tính, máy in) cho đoàn thanh tra.
Kinh nghiệm làm việc và cách giải trình với cơ quan thuế hiệu quả
- Luôn giữ thái độ hợp tác, tôn trọng. Cung cấp hồ sơ, tài liệu đầy đủ và kịp thời theo yêu cầu.
- Khi giải trình, hãy trình bày dựa trên cơ sở pháp lý (Luật, Nghị định, Thông tư) và bằng chứng cụ thể (chứng từ, hợp đồng). Tránh giải trình chung chung, cảm tính.
- Ghi chép lại tất cả các câu hỏi và yêu cầu của đoàn thanh tra vào một cuốn sổ nhật ký làm việc. Điều này giúp bạn không bỏ sót thông tin và có cơ sở đối chiếu sau này.
Lưu ý quan trọng khi ký biên bản thanh tra thuế
Trước khi ký vào bất kỳ biên bản thanh tra thuế nào, hãy đọc thật kỹ từng câu chữ.
- Nếu đồng ý với nội dung, bạn có thể ký.
- Nếu không đồng ý với điểm nào, bạn có quyền ghi rõ ý kiến bảo lưu của mình ngay bên cạnh chữ ký. Đây là cơ sở pháp lý quan trọng để bạn thực hiện quyền khiếu nại sau này.
Giai đoạn 3: Sau khi có kết luận thanh tra – Xử lý kết quả và rút kinh nghiệm
Quá trình thanh tra chưa kết thúc khi đoàn thanh tra rời đi. Giai đoạn này là lúc xử lý các kết quả và rút ra bài học cho tương lai.
Tiếp nhận và thực hiện quyết định xử lý của cơ quan thuế
Nếu có quyết định xử phạt hoặc truy thu thuế, doanh nghiệp cần nghiêm túc chấp hành trong thời hạn quy định để tránh các khoản phạt chậm nộp phát sinh.
Quyền của doanh nghiệp: Khiếu nại hoặc khởi kiện nếu không đồng ý
Trong trường hợp không đồng ý với kết luận hoặc quyết định xử phạt, doanh nghiệp có quyền khiếu nại lên cơ quan thuế cấp trên hoặc khởi kiện ra tòa án hành chính theo quy định của pháp luật.
Top 7 lỗi sai phổ biến khiến doanh nghiệp bị truy thu và phạt nặng
Với kinh nghiệm hỗ trợ nhiều doanh nghiệp, Kỷ Nguyên Mới đã tổng hợp những sai phạm phổ biến nhất. Việc nắm rõ các lỗi thường gặp khi thanh tra thuế doanh nghiệp sẽ giúp bạn chủ động rà soát và khắc phục trước.
- Lỗi về hóa đơn, chứng từ: Mất mát hóa đơn, sử dụng hóa đơn không hợp lệ, xuất hóa đơn sai thời điểm so với thời điểm giao hàng hoặc hoàn thành dịch vụ.
- Lỗi xác định sai chi phí được trừ và không được trừ khi tính thuế TNDN: Hạch toán vào chi phí được trừ các khoản không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh, chi phí không có đủ hóa đơn chứng từ, chi phí vượt định mức quy định.
- Lỗi khấu trừ, kê khai sai thuế GTGT đầu vào: Khấu trừ thuế GTGT cho các hóa đơn không hợp lệ hoặc các hóa đơn của hàng hóa, dịch vụ không phục vụ cho hoạt động chịu thuế GTGT.
- Lỗi hạch toán và kê khai thiếu doanh thu: Bỏ sót các khoản doanh thu từ hoạt động bán hàng, cung cấp dịch vụ, các khoản thu nhập khác (lãi tiền gửi, thanh lý tài sản).
- Lỗi trong việc kê khai và quyết toán thuế TNCN: Áp dụng sai biểu thuế, tính thiếu các khoản thu nhập chịu thuế, đăng ký giảm trừ gia cảnh không đúng quy định.
- Lỗi về giao dịch liên kết: Không kê khai hoặc kê khai sai mẫu quy định về giao dịch liên kết, không lập hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết.
- Lỗi về sổ sách kế toán không nhất quán: Số liệu trên sổ sách không khớp với báo cáo tài chính, tờ khai thuế đã nộp, gây nghi ngờ về tính minh bạch.
Giải đáp các câu hỏi thường gặp về thanh tra thuế doanh nghiệp
Thanh tra thuế kiểm tra những gì tại doanh nghiệp?
Cơ quan thuế sẽ kiểm tra toàn diện việc chấp hành pháp luật thuế của doanh nghiệp. Các nội dung chính bao gồm:
- Tính đầy đủ, chính xác của việc kê khai các loại thuế (GTGT, TNDN, TNCN,…).
- Tính hợp pháp, hợp lệ của hóa đơn, chứng từ.
- Sự phù hợp giữa sổ sách kế toán, báo cáo tài chính và tờ khai thuế.
- Việc hạch toán doanh thu, chi phí có đúng quy định không.
- Việc sử dụng và quản lý hóa đơn.
Thời hiệu truy thu thuế doanh nghiệp là bao lâu theo quy định mới nhất?
Theo Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, thời hiệu truy thu thuế doanh nghiệp là bao lâu được quy định như sau:
- 10 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện hành vi vi phạm đối với trường hợp người nộp thuế không đăng ký thuế, có hành vi trốn thuế.
- 05 năm trở về trước kể từ ngày kết thúc kỳ tính thuế đối với các hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng không cấu thành hành vi trốn thuế.
Để hiểu rõ hơn về các quy định này, doanh nghiệp có thể tham khảo chi tiết tại các văn bản pháp luật hiện hành hoặc tìm kiếm thông tin từ các nguồn tư vấn pháp lý uy tín.
Nhận được Quyết định thanh tra thuế cần lưu ý những điểm gì?
Khi nhận được quyết định thanh tra thuế, doanh nghiệp cần kiểm tra ngay các thông tin sau:
- Tính pháp lý của quyết định: Người ký quyết định có đúng thẩm quyền không? Quyết định có đóng dấu của cơ quan thuế không?
- Nội dung thanh tra: Phạm vi thanh tra là gì (loại thuế nào, kỳ tính thuế nào)?
- Thời gian thanh tra: Thời gian làm việc của đoàn tại doanh nghiệp là bao lâu?
- Thành phần đoàn thanh tra: Gồm những ai, ai là trưởng đoàn?
Thanh tra thuế doanh nghiệp không phải là điều đáng sợ nếu doanh nghiệp luôn ở trong thế chủ động. Bằng cách xây dựng một hệ thống kế toán minh bạch, lưu trữ hồ sơ đầy đủ và thực hiện rà soát định kỳ, doanh nghiệp không chỉ tự tin đối mặt với các cuộc thanh tra mà còn tối ưu hóa việc tuân thủ pháp luật thuế. Sự chuẩn bị kỹ lưỡng chính là chìa khóa để bảo vệ lợi ích và giảm thiểu rủi ro cho doanh nghiệp.
Bạn vẫn còn băn khoăn về hồ sơ của doanh nghiệp mình? Hãy liên hệ ngay với đội ngũ chuyên gia của Công Ty TNHH DV Phát Triển Doanh Nghiệp Kỷ Nguyên Mới để được tư vấn và hỗ trợ rà soát toàn diện, đảm bảo sự an tâm tuyệt đối cho kỳ thanh tra sắp tới!
Thông tin liên hệ:
- Địa chỉ: 145/11/1C Thạnh Xuân 52, Thạnh Xuân, Quận 12, Hồ Chí Minh
- Hotline: 0937.686.222
- Zalo: 0937.686.222


